La Capitanata ha una vasta varietà di formaggi, quelli più noti sono: il Caciocavallo Podolico del Gargano, il Fiordilatte, il Canestrato Pugliese, la Mozzarella di Bufala, il Cacioricotta, il Caciofiore.

Caciocavallo Podolico

Il caciocavallo Podolico del Gargano è probabilmente il formaggio che più di ogni altro caratterizza l'arte casearia Pugliese, e più specificatamente quella della Capitanata. E' importante che la stagionatura avvenga nelle umide cantine delle case garganiche, l'aria e la lunga stagionatura faranno il resto. Il risultato sarà un formaggio duro dal colore giallo paglierino, e dal sapore forte e piccante. Il Caciocavallo del Gargano può essere abbinato a vini, come il Cacc'è Mmitte o il Frisello di Lucera, quando è molto stagionato.

Il Fiordilatte

Il fior di latte è il formaggio fresco pugliese più famoso nel mondo. Il latte pastorizzato viene aggiunto con del lattoinnesto e poi con caglio liquido di vitello. Viene utilizzato in cucina e come condimento delle pizze.

Il Canestrato Pugliese

Formaggio tipico, ma poco conosciuto anche se dal 1996 l'unione europea gli ha riconosciuto la denominazione di origine protetta. E' ottenuto da latte intero di pecore autoctone tra cui ci sono esemplari della rara razza altamurana. E' il formaggio che più si lega con la tradizione e con gli usi e i costumi della pastorizia pugliese. Formaggio che prende il nome dalla forma dei canestri di giunco che i pastori inpagliavano durante la transumanza del bestiame. Dopo tre o quattro mesi di stagionatura il canestrato ha un gusto leggermente sapido, dopo i dodici mesi raggiunge il momento migliore quando la pasta diviene friabile caratterizzata da un'occhiatura rada. La stagionatura può arrivare a dieci mesi ed i posti della stagionatura sono per lo più grotte naturali della Capitanata. I pastori più esperti trattavano poi la forma con bagni di olio di oliva per donare l'aspetto dorato alla crosta. Il sapore è piccante e la consistenza è dura ma non particolarmente compatta, sono infatti frequenti delle occhiature e dei fori nella pasta. L'utilizzo maggiore viene fatto per insaporire la pasta e per arricchire piatti tipici della tradizione gastronomica pugliese.

La Mozzarella di Bufala

Il Ministero delle Politiche agricole ha dato il via libera alla Dop della “bufalina dauna”. La zona di produzione, che per un prodotto Dop deve essere individuata con precisione, è stata estesa anche a dodici comuni della provincia di Foggia tra i quali San Giovanni Rotondo, San Nicandro Garganico, Manfredonia, San Marco in Lamis, Cagnano Varano e Lesina.
E' un formaggio fresco a pasta filata ottenuto direttamente dal latte intero di bufala, attentamente selezionato da allevamenti che ne garantiscono la freschezza e la genuinità.
La mozzarella, quando è autenticamente bufalina è "di colore bianco porcellaneo, di forma globosa, con una consistenza leggermente elastica nelle prime 8-10 ore dopo la caseificazione e poi sempre più fondente. Al taglio lascia scolare sierosità biancastre dal profumo di fermenti lattici".
Il sapore è gradevolmente fresco, acidulo e fragrante. E' preparata in forma rotonda e non supera normalmente il peso di 500 g.

Il Cacioricotta

Il cacioricotta è il più conosciuto formaggio pugliese, ed anche il più tipico della tradizione casearia pugliese. La consumazione può avvenire o dopo un giorno di riposo e dopo la relativa salatura o lasciato stagionare per fagli assumere il tipico colore giallastro. Fresco viene consumato come secondo piatto o come antipasto e deve essere rigorosamente bianchissimo, nel caso dello stagionato viene utilizzato grattugiato su vari sughi e paste.

Il Caciofiore

Commercializzato in tutta la provincia di Foggia viene consumato come formaggio da tavola. Bianco e burroso ha una crosta poco sottile data dalla breve stagionatura.